אב לשישה, מתגורר באפרת שבגוש עציון. קצין בדרגת רס"ן בתותחנים, בעל תעודת רבנות ובוגר קורס רבני קהילות בארץ.

יהונתן למד לתואר שני ושלישי בפילוסופיה יהודית באוניברסיטת בר-אילן, וכיום הוא חוקר במדעי הרוח בדגש על מקצועות היהדות. בעבר שימש כמנהל חינוכי במכון ש"י שבאוניברסיטת בר-אילן, והיה עורך מדעי של ספר לימוד במקצוע תרבות יהודית-ישראלית (מפעלי חל"ד). לימד בכמה בתי ספר על-יסודיים כמחנך וכמורה לתנ"ך והיסטוריה, הקים את המכינה הקדם-צבאית תכלת שמים ועמד בראשה.

כיום יהונתן הוא ראש מסלול הכשרת אקדמאים להוראה במכללת אפרתה, מרצה בחוג לתושב"ע, ראש מדור בחינות, אחראי לפיתוח ולשדרוג הקורסים המקוונים וחבר בצוות הניהול של המכללה.