ראש בית הספר לחינוך ולהוראת החינוך הגופני במכללה האקדמית בווינגייט. את הקריירה האקדמית החלה בלימודי תואר ראשון במכללה האקדמית בווינגייט, ואת התארים השני והשלישי השלימה בפקולטה לרפואה באוניברסיטת תל-אביב, שם התמקדה בלימודי אנטומיה ובפציעות ספורט. בעבודתה במכללה נילי עוסקת במקביל להוראה גם במחקר. המחקרים שהיא שותפה להם מתמקדים, בין היתר, בבדיקות סקר לספורטאים, בגורמי סיכון לפציעות שריר-שלד, ובבחינת תוכניות התערבות למניעה/שיקום של פציעות. בשלוש השנים האחרונות כראש בית הספר לחינוך ולהוראת החינוך הגופני, נילי שואפת לקדם את צוות המרצים להצלחה ולהגשמה בתחום האקדמי. תפיסת התפקיד שלה היא להכשיר את הבוגרים כאנשי חינוך, לבסס את הידע שלהם בתחומים פדגוגיים ודידקטיים ולפתח את יכולתם ליישם ידע שרכשו במהלך לימודיהם. הסגל האקדמי מחויב כולו לקידום ולפיתוח תוכניות לימוד חדשות, להובלת תהליכי חדשנות בהוראת החינוך הגופני, לקידום מחקר בתחומי ההוראה והפדגוגיה ועוד.